New mammalian tree

Robusta filogenia de mamíferos, con la mejor resolución hasta la fecha. Es resultado del análisis de relaciones, tiempos de divergencia y patrones de diversificación del 97-99% de familias de mamíferos, sobre la base de una matriz molecular que incluye 164 mamíferos, cinco grupos de vertebrados no mamíferos y 26 fragmentos de genes (Meredith et al. 2011: 521).

Es presentado con gran detalle como un árbol filogenético de familias de mamíferos tasado en el tiempo (Meredith et al. 2011: 522), que permite ver con claridad los tiempos de divergencia de dichas familias.

Helgen (2011) enmarca el evento.

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Helgen, Kristofer M. 2011. The mammal family tree. Science, 334(6055): 458-459 doi:10.1126/science.1214544. [a007277fx]

Meredith, Robert W.; Jan E. Janecka; John Gatesy; Oliver A. Ryder; Colleen A. Fisher; Emma C. Teeling; Alisha Goodbla; Eduardo Eizirik; Taiz L. L. Simao; Tanja Stadler; Daniel L. Rabosky; Rodney L. Honeycutt; John J. Flynn; Colleen M. Ingram; Cynthia Steiner; Tiffani L. Williams; Terence J. Robinson; Angela Burk-Herrick; Michael Westerman; Nadia A. Ayoub; Mark S. Springer and William J. Murphy. 2011. Impacts of the cretaceous terrestrial revolution and KPg extinction on mammal diversification. Science, 334(6055): 521-524 doi:10.1126/science.1211028. [a007280fx] <sup>[1]

[1]</sup> El primer y último autor fueron elegidos con lanzamiento de moneda.

via:
Francis (th)E mule Science's News: Se publica en Science el nuevo árbol filogenético de los mamíferos / Link

es otra cosa

"el hombre [Bill Gates] es un billonario y con aquellas palabras^[1] ha dicho que pasado un tiempo [de ser millonario] resulta irrelevante, que da igual, que lo importante es otra cosa". ^[2]

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^[1] geek wire: Gates to students: Don’t try to be a billionaire, it’s overrated // Link

via:
^[2] alt1040: Bill Gates sobre ser millonario: pasado un tiempo es 'la misma hamburguesa' // Link

Ni

Yo soy la persona número 3,170,533,077. ^[1]

Según el modelo presentado, 160,661 personas somos el número 3,170,533,077.

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^[1] BBC News: 7 billion people and you: What's your number? // Link

United Nations: World population prospects, the 2010 revision: Standard variants (updated: 28 june 2011) // Link

via:
microsiervos: ¿Qué número ocupas en la población actual del mundo? // Link

Monstruo de esperanza

La integración simbiótica de una bacteria antecesora de la mitocondria y una plácida arquea del linaje de los actuales metanógenos fue el acontecimiento que dio lugar al “monstruo de esperanza” eucariota, un ser en principio grotesco que abrió posibilidades evolutivas imposibles para las bacterias y arqueas, como demuestra el hecho de que tras casi 4.000 millones de años de evolución, siguen siendo eso, bacterias y arqueas, y sólo los eucariotas han [hemos] podido iniciar el camino hacia la complejidad.^[1]

Torito! Trae a colación la pregunta de cuando la licenciatura ¿por qué las bacterias siguen siendo bacterias?


Allen, John F. 2003. Why chloroplasts and mitochondria contain genomes. Comparative and Functional Genomics, 4(1): 31-36 doi:10.1002/cfg.245. [a004296fx]

Cavalier-Smith, Thomas. 2006. Origin of mitochondria by intracellular enslavement of a photosynthetic purple bacterium. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 273(1596): 1-10 doi:10.1098/rspb.2006.3531. [a000024fx]

Esser, Christian; William Martin and Tal Dagan. 2007. The origin of mitochondria in light of a fluid prokaryotic chromosome model. Biology Letters, 3(2): 180-184 doi:10.1098/rsbl.2006.0582. [a002657fx]

Ferri, Karine F. and Guido Kroemer. 2001. Mitochondria: The suicide organelles. BioEssays, 23(2): 111-115 doi:10.1002/1521-1878(200102)23:2<111::AID-BIES1016>3.0.CO;2-Y. [a004219fx]

Gray, Michael W.; Gertraud Burger and B. Franz Lang. 2001. The origin and early evolution of mitochondria. Genome Biology, 2(6): reviews 1018.1-1018.5 doi:10.1186/gb-2001-2-6-reviews1018. [a004174fx]

Gray, Michael W.; Gertraud Burger and B. Franz Lang. 1999. Mitochondrial evolution. Science, 283(5407): 1476-1481 doi:10.1126/science.283.5407.1476. [a002661fx]

Gray, Michael W.; Gertraud Burger; Robert Cedergren; G. Brian Golding; Claude Lemieux; David Sankoff; Monique Turmel and B. Franz Lang. 1999. A genomics approach to mitochondrial evolution. Biological Bulletin, 196(3): 400-403. [a003318fx]

Gray, Michael W.; Robert Cedergren; Yvon Abel and David Sankoff. 1989. On the evolutionary origin of the plant mitochondrion and its genome. PNAS, 86(7): 2267-2271. [a002407fx]

Keeling, Patrick J. 1998. A kingdom's progress: Archezoa and the origin of eukaryotes. BioEssays, 20(1): 87-95 doi:10.1002/(SICI)1521-1878(199801)20:1<87::AID-BIES12>3.0.CO;2-4. [a004161fx]

Kurland, C. G. and Siv G. E. Andersson. 2000. Origin and evolution of the mitochondrial proteome. Microbiology and Molecular Biology Reviews, 64(4): 786-820 doi:10.1128/MMBR.64.4.786-820.2000. [a002660fx]

Lane, Nick. 2007. Mitochondria: Key to complexity. Pp. 13-38 in: Origins of mitochondria and hydrogenosomes (William Martin, Miklós Muller, eds.). Springer, 306 pp. [a006272fx]

Lang, B. Franz; Michael W. Gray and Gertraud Burger. 1999. Mitochondrial genome evolution and the origin of eukaryotes. Annual Review of Genetics, 33: 351-97 doi:10.1146/annurev.genet.33.1.351. [a000921fx]

Martin, William; Meike Hoffmeister; Carmen Rotte and Katrin Henze. 2001. An overview of endosymbiotic models for the origins of eukaryotes, their ATP-producing organelles (mitochondria and hydrogenosomes), and their heterotrophic lifestyle. Biological Chemistry, 382(11): 1521-1539 doi:10.1515/BC.2001.187. [a004181fx]

Poole, Anthony M. 2006. Did group II intron proliferation in an endosymbiont-bearing archaeon create eukaryotes?. Biology Direct, 1: 36 doi:10.1186/1745-6150-1-36. [a004142fx]

Poole, Anthony M. and David Penny. 2007. Evaluating hypotheses for the origin of eukaryotes. BioEssays, 29(1): 74-84 doi:10.1002/bies.20516. [a002373fx]

Saccone, Cecilia; Carmela Gissi; Cecilia Lanave; Alessandra Larizza; Graziano Pesole and Aurelio Reyes. 2000. Evolution of the mitochondrial genetic system: An overview. Gene, 261(1): 153-159 doi:10.1016/S0378-1119(00)00484-4. [a000929fx]

Stupar, Milanko R. 2003. Genetic recombination and the origin of mitochondrion. Archive of Oncology, 11(1): 35-38 doi:10.2298/AOO0301035S. [a003911fx]

Stupar, Milanko R. 2008. Archaebacterial whole-genome duplication and origin of eukaryots [draft]. Nature Precedings, hdl:10101/npre.2008.2302.1. [a003900fx]

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^[1] eCiencia: Mitocondria, la gran olvidada en el origen de la vida [mitocondria 1] // Link
eCiencia: Breve historia del oxígeno (mitocondria 2) // Link
eCiencia: El extraño caso de la aparición del sexo (mitocondria 3) // Link


via:
ciencia al día: Noticias Ciencia: Miércoles, 26/10/2011 // Link

Royal Society

The Royal Society: Royal Society journal archive made permanently free to access // Link

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vía:
alt1040: La Royal Society libera su archivo histórico en Internet // Link

Pléyade Excelsa

"A la pléyade excelsa de héroes que nos legaron patria"... reza la cara norte, pilar este del Arco de la Independencia de Monterrey, Nuevo León, México.

"¿No podrá ser posible" --preguntó [el General Bernardo Reyes] al señor [W. H.] Mullins- "poner a la Independencia una actitud heroica, adelantando un pie al otro, con la rodilla más avanzada doblada, llevando en la mano del lado del pie que quede retrasado la corona [de España] con un pedazo de cadena colgante, inclinada esa mano hacia abajo, y la otra levantada a lo alto, sosteniendo una esfera con el nombre de México visible en ella, y colgando de esa esfera eslabones de cadena, como si acabara de rotarse esa cadena que ligara a la corona con esa esfera?" // Es importante observar que Reyes definió el símbolo que habría de representar al México independiente, ya no era la bandera [como en "La Libertad guiando al pueblo" de Eugéne Delacroix] ni un rollo de papel, sino una esfera. (Derbez 1997: 8).


Ver mapa más grande

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Derbez-García, Edmundo. 1997. La estatua de la Independencia, esa desconocida. Centro de Información e Historia Regional (CIHR-UANL), 30 pp. [a007276fx] // Link

Turing HOX

Noordermeer et al. (2011) proponen un mecanismo de funcionamiento de los genes HOX que nos recuerda a una simple máquina de Turing. Una cinta^[1] de paquetes de información concatenada (genes), que es tratada un segmento (gen) a la vez, modificándolo, para luego continuar con el adyacente. Esto explica la precisa secuencialidad en tiempo y espacio, de la activación y desactivación de los genes que dictan el patrón corporal de los organismos multicelulares. Hurtley (2011) reseña el evento.

Los genes HOX deben activarse y desactivarse en una secuencia precisa, para controlar las diferentes etapas de desarrollo embrionario, como una serie de capas, donde una es secuencia de otra.

Noordermeer et al. (2011: 225) sugieren que la activación colinear de los genes HOX, indican una separación física en sus modalidades regulatorias. La secuencia en las diferentes propiedades bioquímicas y sus resultados, asocian para cada gen, una transición por pasos de un estado negativo a otro positivo. Aunque esto requiere de ser completamente demostrado, plantea un mecanismo que soluciona los problemas cruciales durante la activación de los genes HOX:

1. asegurar la adecuada secuencia colinear en la activación de genes;
2. previene que los genes de activación posterior, se activen antes de tiempo;
3. controlar y memorizar estados de transcripción asociados a los varios niveles corporales de desarrollo.

Hurtley, Hurt. 2011. A time and a place for hox genes. Science, 334(6053): 153 doi:10.1126/science.334.6053.153-h. [a007274fx]

Monteiro, Ana Sara and David E. K. Ferrier. 2006. Hox genes are not always colinear. International Journal of Biological Sciences, 2(3): 95-103. [A004840FX]

Noordermeer, Daan; Marion Leleu; Erik Splinter; Jacques Rougemont; Wouter De_Laat and Denis Duboule. 2011. The dynamic architecture of hox gene clusters. Science, 334(6053): 222-225 doi:10.1126/science.1207194. [a007273fx]

Tschopp, Patrick and Denis Duboule. 2011. A regulatory 'landscape effect' over the HoxD cluster. Developmental Biology, 351(2): 288-296 doi:10.1016/j.ydbio.2010.12.034. [a007275fx]


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^[1] No necesariamente una fibra lineal ininterrumpida de cromatina (Noordermeer et al. 2011: 224).

wiki: Genes HOX // Link
wiki: Máquina de Turing // Link

via:
neofronteras: Descubren el primer reloj 'genético' o 'reloj Hox' // Link

atrevimiento

Muchos editores afirman que los mejores revisores son los investigadores posdoctorales jóvenes, que según Leslie Sage, editora de Nature, están en la cima de su carrera, están muy versados en la literatura científica y además les importa tan poco la política científica que son capaces de decir la verdad pese a quien pese. Porque la realidad es que ese es el gran problema de la revisión por pares, aunque sea anónima, pocos revisores se atreven a decir la verdad sobre lo que piensan de un artículo concreto. ^[1]

Torito! En algo tan definitivo como un artículo científico publicado, si lo que se dice --sometido o revisado- no califica a la altura de la verdad ¿entonces cómo romeritos califica lo que se dice?

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^[1] francis (th)e mule science's news: El revisor ideal que todas las revistas quieren para sí // Link

portraits

nueva trova / 1975 


youtube: Silvio Rodríguez - Sueño con serpientes (Días y flores) // Link