martes, 25 de septiembre de 2007

Travesuras de Bohr

Historia de la ciencia.

Hawking (2001: 26) menciona una anécdota sobre Einstein:

"En diciembre de 1932, consciente de que Hitler y los nazis llegarían al poder, Einstein abandonó Alemania y cuatro meses después renunció a su ciudadanía. [...] En Alemania, los nazis orquestaron una campaña contra la “ciencia judía” y los muchos alemanes de origen judío, [...] Einstein y la relatividad fueron los principales blancos de dicha campaña. Cuando le informaron de la publicación de un libro titulado “100 autores contra Einstein”, replicó:
-¿Por qué cien? Si estuviera equivocado, bastaría con uno solo."

"Cien maneras de disentir" vs. "100 autores que difieren de Einstein al unísono". Debe de ser un libro muy interesante si es la primera opción, ya que tantas formas de estar en contra –e intentar defenderlas- podría calificarse de monumental y de gran espectáculo, no importa que estén equivocadas.

Ahora, por otro lado, 100 maneras diferentes de apoyar lo mismo, sin utilizar mentiras –o equivocaciones-: ¡no tiene nombre! ... otra anécdota:


La anécdota de Bohr
21 Septiembre 2007 [tomado de laBitacora.net bajo cc]

Sir Ernest Rutherford, presidente de la Sociedad Real Británica y Premio Nóbel de Química en 1908, contaba la siguiente anécdota:

“Hace algún tiempo, recibí la llamada de un colega. Estaba a punto de poner un cero a un estudiante por la respuesta que había dado en un problema de física, pese a que este afirmaba con rotundidad que su respuesta era absolutamente acertada. Profesores y estudiantes acordaron pedir arbitraje de alguien imparcial y fui elegido yo. Leí la pregunta del examen: ‘Demuestre como es posible determinar la altura de un edificio con la ayuda de un barómetro’.

“El estudiante había respondido: ‘lleve el barómetro a la azotea del edificio y átele una cuerda muy larga. Descuélguelo hasta la base del edificio, marque y mida. La longitud de la cuerda es igual a la longitud del edificio’.

“Realmente, el estudiante había planteado un serio problema con la resolución del ejercicio, porque había respondido a la pregunta correcta y completamente. Por otro lado, si se le concedía la máxima puntuación, podría alterar el promedio de su año de estudios, obtener una nota mas alta y así certificar su alto nivel en física; pero la respuesta no confirmaba que el estudiante tuviera ese nivel. Sugerí que se le diera al alumno otra oportunidad. Le concedí seis minutos para que me respondiera la misma pregunta pero esta vez con la advertencia de que en la respuesta debía demostrar sus conocimientos de física.

“Habían pasado cinco minutos y el estudiante no había escrito nada. Le pregunté si deseaba marcharse, pero me contestó que tenía muchas respuestas al problema. Su dificultad era elegir la mejor de todas. Me excusé por interrumpirle y le rogué que continuara. En el minuto que le quedaba escribió la siguiente respuesta: coja el barómetro y láncelo al suelo desde la azotea del edificio, calcule el tiempo de caída con un cronómetro. Después aplique la formula altura = 0,5 A por T2. Y así obtenemos la altura del edificio. En este punto le pregunté a mi colega si el estudiante se podía retirar. Le dio la nota más alta.

“Tras abandonar el despacho, me reencontré con el estudiante y le pedí que me contara sus otras respuestas a la pregunta. Bueno, respondió, hay muchas maneras, por ejemplo, coges el barómetro en un día soleado y mides la altura del barómetro y la longitud de su sombra. Si medimos a continuación la longitud de la sombra del edificio y aplicamos una simple proporción, obtendremos también la altura del edificio.

“Perfecto, le dije, ¿y de otra manera? Sí, contesto, este es un procedimiento muy básico: para medir un edificio, pero también sirve. En este método, coges el barómetro y te sitúas en las escaleras del edificio en la planta baja. Según subes las escaleras, vas marcando la altura del barómetro y cuentas el numero de marcas hasta la azotea. Multiplicas al final la altura del barómetro por el numero de marcas que has hecho y ya tienes la altura.

“Este es un método muy directo. Por supuesto, si lo que quiere es un procedimiento mas sofisticado, puede atar el barómetro a una cuerda y moverlo como si fuera un péndulo. Si calculamos que cuando el barómetro esta a la altura de la azotea la gravedad es cero y si tenemos en cuenta la medida de la aceleración de la gravedad al descender el barómetro en trayectoria circular al pasar por la perpendicular del edificio, de la diferencia de estos valores, y aplicando una sencilla fórmula trigonométrica, podríamos calcular, sin duda, la altura del edificio. En este mismo estilo de sistema, atas el barómetro a una cuerda y lo descuelgas desde la azotea a la calle. Usándolo como un péndulo puedes calcular la altura midiendo su periodo de precisión. En fin, concluyó, existen otras muchas maneras. Probablemente, la mejor sea coger el barómetro y golpear con el la puerta de la casa del conserje. Cuando abra, decirle:

“-Señor conserje, aquí tengo un bonito barómetro. Si usted me dice la altura de este edificio, se lo regalo. En este momento de la conversación, le pregunté si no conocía la respuesta convencional al problema (la diferencia de presión marcada por un barómetro en dos lugares diferentes nos proporciona la diferencia de altura entre ambos lugares) dijo que la conocía, pero que durante sus estudios, sus profesores habían intentado enseñarle a pensar”.

El estudiante se llamaba Niels Bohr, físico danés, premio Nóbel de Física en 1922, más conocido por ser el primero en proponer el modelo de átomo con protones y neutrones y los electrones que lo rodeaban. Fue fundamentalmente un innovador de la teoría cuántica.

Visto en La Insignia

torito! ¿Que pollitos es una "respuesta satisfactoria"?

Bohr no demuestra que domina el uso del barómetro, mas bien, la técnica del elefante, como peladito en carpa: "El Elefante. El elefante tiene una cola que asemeja a las serpientes y las serpientes son reptiles que... etc.". Entonces, ¿por que capturó en curva a Rutherford?

¿Que son, respuesta vulgar, respuesta técnica y respuesta científica?

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en parte, del libro que actualmente leo:
Hawking, S. 2001. El universo en una cáscara de nuez. Crítica / Planeta. 216 pp.

[entrada publicada originalmente el 25-09-2007 23:09 en Yahoo! 360]

domingo, 23 de septiembre de 2007

55 Aniversario

Ideas.

Ha terminado la semana del 55 aniversario de nuestra facultad. Esta vez los festejos han sido diferentes por contar con un substrato filosófico enfocado en el futuro. Lamento no haber estado presente en todos los eventos, no dependía de mi, sin embargo fue muy satisfactorio poder escuchar las fuertes y claras palabras del Dr. Juan Luis Cifuentes Lemus, toda una institución, y el inspirador discurso de clausura de nuestro estimado Director, el Dr. Juan Manuel Alcocer González. Ojalá y estas palabras que se escucharon se conserven para la posteridad. No tengo cabeza para repetir el discurso, pero si lo que me han inspirado sus palabras:

¿Por que lo personajes de nuestro pasado son grandes?, tal como el Dr. Eduardo Aguirre Pequeño. La respuesta es sencilla -entre otras cosas-, por su Pasión por la Biología. Hay que inspirar a los jóvenes esta pasión y también, que no se salten su historia. Dicen que "nadie aprende en cabeza ajena", el científico si, cuando no es testarudo. En parte somos el producto de quienes nos antecedieron y llegará el momento de ser el sustento de quienes están por venir. Esto realmente ya está sucediendo y requiere de una tremenda responsabilidad, que no cuesta si hay pasión. Tenemos un compromiso y una meta, inculcar esa Pasión.

"Un maestro es grande sólo en la medida que logra que sus alumnos lo superen". No recuerdo donde aprendí estas antiguas palabras, pero de cierta manera se dijeron anteayer -21 sep 2007-.

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[entrada publicada originalmente el 23-09-2007 14:26 en Yahoo! 360]

miércoles, 12 de septiembre de 2007

Tenemos

Ideas.

Estoy a la mitad de la tercera vuelta de un libro que me asombra, "El retorno de la antigüedad, La política de los guerreros", de Robert D. Kaplan. Este libro trata de la naturaleza humana, la política y de la política exterior, racionalizada a partir de grandes pensadores –la mayoría clásicos- y estadistas.

Me he detenido temporalmente en el mismo capítulo que en mis lecturas de antes, en el capítulo que más me llama la atención empezando por el título: "VII. Los grandes perturbadores: Hobbes y Malthus". Ya antes comente sobre Hobbes en otro sitio (el 12 octubre 2003); ahora deseo traer aquí una de sus dos dudas conflictivas, un auténtico torito aún en la actualidad:

Torito! ¿Los seres humanos tenemos capacidad de opción moral? -Hobbes

Yo creo que si la tenemos, pero no forma parte de nuestro "piloto automático". La moral la debemos deducir o aprender y luego mantenerla como un ideal en donde queremos estar y vivir; se le da uso de manera consciente y como tal se puede optar.

Hobes menciona que el hombre es esclavo de sus pasiones y que necesita un Leviatán como agente externo para mantenerlo sobre el camino. Ese Leviatán castiga pero también debe ser capaz de evitar que el hombre muera a manos de otro hombre. O sea, que acapare la fuerza de control.

Más adelante, Kaplan (pp 171-174) menciona a Kant, quien avanza la idea hasta unirla con la libertad:

"Kant escribe que, si bien la moralidad parece ser la causa de nuestras acciones, no se puede deducir con certeza que ningún impulso furtivo de amor propio, bajo la mera apariencia de costumbres, no sea la verdadera causa de nuestros actos, por cuanto nos agrada presumir atribuyéndonos falsamente un motivo más noble. Puesto que el examen de conciencia más intenso no nos permitirá ver más allá de nuestros motivos y los de los demás, la prueba de acción moral sólo puede deducirse mediante la razón, nunca de la mera experiencia. [...] Kant, al igual que Hobbes sabe que nuestros miedos y apetitos nos hacen actuar irracionalmente, pero luego pregunta ¿acaso no hay leyes que indican como deberíamos actuar? [...] Kant dice que cuando actuamos como queremos sin que eso impida que los demás obren del mismo modo, se trata de una ley universal [...] que no se puede negar. [...] Demuestra que la única conducta que podemos desear sin contradecir que todos la adopten se basa en la buena voluntad. [...] Actuar con buena voluntad significa ver a cada hombre o mujer como un fin en si mismo y no como un medio. Kant sostiene que los seres humanos que se tratan unos a otros como fines en vez de cómo medios son hombres libres. Un hombre libre actúa según sus principios en lugar de hacerlo según sus miedos y apetitos, ya que éstos constituyen las fuerzas externas que oprimen nuestra libertad."

Así se cierra el círculo de por que me asombra este libro, porque de sus páginas, ideas y ejemplos se puede deducir los siguiente:

La libertad se basa en hombres libres que tratan a los demás como iguales, su conducta racional es universal por ser de buena voluntad e inmune a los efectos de los miedos y pasiones. Por lo tanto, No necesitan un Leviatán; tal artefacto es para los que NO son libres -en el sentido aquí expuesto-.

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PD. perturbar. (Del lat. perturbare). 1. tr. Inmutar, trastornar el orden y concierto, o la quietud y el sosiego de algo o de alguien.

del libro que actualmente leo:
Kaplan, Robert D. 2002. El retorno de la antigüedad: La política de los guerreros. Ediciones B. España. 238 pp. [a007213fx]

[entrada publicada originalmente el 12-09-2007 11:19 en Yahoo! 360]

miércoles, 8 de agosto de 2007

El lenguaje más elegante del mundo

Ideas.

Siempre me había llamado la atención un evento de la década de los 90’s. El tan sonado –en aquella época- nuevo estándar para el lenguaje C, el cual se tuvo que esperar por 10 años, y para cuando llegó, ¡no se notaba la diferencia comparado con el anterior!. La mayoría de los cambios fueron internos. Nunca me detuve a ver con detenimiento tal proceso, hasta ahora que me he propuesto leer de nuevo el ciclo completo de C, C89, C99, C++, Visual C++.

En su libro sobre C, Schildt (2001: 249) menciona el motivo de “tan sutil” cambio: “fue un proceso controlado y cuidadoso que refleja el hecho de que varios pilotos experimentados llevaban los mandos”:

"Puede que la principal cuestión que acompaña al lanzamiento de un nuevo estándar de lenguaje sea el aspecto de la compatibilidad con su predecesor. ¿Hará la nueva especificación que los programas antiguos queden obsoletos? ¿Se han alterado las construcciones importantes? ¿Tendré que cambiar mi forma de escribir código? Las respuestas a este tipo de preguntas a menudo determinan el grado de aceptación del nuevo estándar y, a largo plazo, la viabilidad del propio lenguaje. Afortunadamente la creación de C99 fue un proceso controlado y cuidadoso que refleja el hecho de que varios pilotos experimentados llevaban los mandos. Por decirlo de una forma sencilla: si gustaba C [el C89] tal como era, la versión de C definida por C99 también gustará. Lo que muchos programadores consideran como el lenguaje de programación más elegante del mundo, ¡todavía sigue estando ahí!"


Con lo anterior en mente, es tangible el costo de lograr el aumento de potencia (ampliaciones y añadidos), de la mano con la compatibilidad y portabilidad.

Torito! ¿Qué romeritos significa "el lenguaje mas elegante del mundo"?


Actualización. Como producto de las austeras vacaciones que han terminado, tengo un comentario práctico sobre los cambios de un sistema:

En el 2001 ya no actualicé una librería que escribí para manipulación de tablas DBF, la cual funcionaba pero nunca optimice. Su desarrollo es trivial, para nada difícil o complicado. El problema fue que me complique la vida implementando funciones que pensé serían de utilidad en el futuro, tales como la verificación de sintaxis del contenido de los registros de una tabla a partir de patrones y descuide el motor DBF.

Pues bien, con mi nuevo proyecto de un lenguaje DBF 2 KML, necesitaba un motor DBF optimizado. Sabiendo ahora lo que se espera exactamente de tal motor –y que no tenía claro antes del 2000, y menos cuando lo empecé en 1993-, lo reescribí desde cero eliminando las capas de abstracción.

¡Y que bonito es lo sencillo! Schildt tiene razón, se necesita experiencia para no complicar las cosas sin necesidad.

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del libro que actualmente leo:
Schildt, H. 2001. C Manual de referencia. Osborne McGraw-Hill. 709 pp.

[entrada publicada originalmente el 08-08-2007 23:38 en Yahoo! 360]

lunes, 23 de julio de 2007

Canard de bain

Arte.



Monumental trabajo de Florentijn Hofman.

De sus obras, la que más me ha llamado la atención es su "Canard de bain" (Badeend/Rubber duck), un PVC inflable de 26 x 20 x 32 m. En la descripción dice entre otras cosas: "un amarillo punto en el horizonte que lentamente se acerca a la costa".

Saint-Herblain:del 1o al 15 de junio
Couëron:del 17 al 27 de junio
Cordemais:del 30 de junio al 20 de julio
Paimbœuf:del 23 de julio al 16 de agosto
Saint-Nazaire:del 19 de agosto al 1 de septiembre


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Website // Link
Florentijn Hofman // Link
A Saint-Herblain et sur l’estuaire // Florentijn Hofman // Link

[entrada publicada originalmente el 23-07-2007 12:15 en Yahoo! 360]

martes, 17 de julio de 2007

"Gran Orden" de programadores

Ideas.



“Se mistifica lo que no se conoce”. Aquí un ejemplo escrito por Herbert Schildt:

¿Cómo escribir un programa que tenga como entrada una cadena que contenga una expresión numérica, como por ejemplo (10-5)*3, y que calcule el resultado adecuado? [...] Si todavía existe una “Gran Orden” de programadores, deben de pertenecer a ella los pocos que sepan hacer esto.

La mayoría de los demás programadores [no C] mistifican la forma en que los lenguajes de alto nivel convierten las expresiones algebraicas en instrucciones que la computadora puede ejecutar. Este procedimiento se denomina análisis de expresiones y es lo que forma la espina dorsal de todos los compiladores e intérpretes de lenguajes, de los programas de hojas de cálculo y de cualquier otro programa que convierta expresiones numéricas en forma que puedan usar las computadoras.

Aunque resulte misterioso, el análisis de expresiones es realmente algo simple y, en muchos sentidos, es más fácil que otras tareas de programación. La razón se encuentra en que el problema está muy bien definido y se basa estrictamente en las reglas del álgebra. (Schildt, 2001: 515).

[...]

No es difícil ni define ninguna "Orden". Una manera de solucionar la pregunta introductoria de Schildt a su Capítulo 24. Análisis y Evaluación de Expresiones, es: En tiempo de ejecución, cualquier expresión se desmenuza en tokens y sobre ellos se aplican las reglas algebraicas. El producto es un algoritmo que dicta la secuencia de instrucciones que calculan el resultado adecuado. Pero ahora...

Torito! ¿Como convertir "cualquier" consulta válida sobre "cualquier" base de datos georreferenciada en una vista 3D en Google Earth, y que muestre el resultado correcto sin tener que reescribir el programa para cada consulta?

Ejemplo de consulta, solucionada con un sistema que desarrollaba llamado z_KML: Desde una base de datos llamada xUgaDB, el siguiente programa ejemplo genera un KML (Google Earth) de todos los 'gatos fotografiados' después de 1995 en Tamaulipas, y los ordena por fecha, hora y número de memoria del GPS.

open   xUgaDB   1
agroup   l_date   l_anio   l_mes   l_dia
agroup   l_time   l_hora   l_minuto
sort   l_date   l_time   gps_mem
search   l_localidad   ?   "Tamaulipas"
search   l_notas   ?   "gato"   and
search   l_notas   ?   "foto"   and
search   l_anio   ?   "1995"   and
coord   lat_gra   lat_min   lat_seg   lon_gra   lon_min   lon_seg
do
end

Comentarios: En el proceso se crean los campos temporales L_DATE y L_TIME que se usaran en SORT; la geoposición se controla en COORD; el 1 en OPEN desecha el primer registro de la base -porque no es útil-; en DO no se solicita enumerar los registros en la respuesta; y no se han cambiado los parámetros default para generar el KML. El resultado es un conjunto de geoposiciones en formato KML.

La imagen arriba es una captura de pantalla de una consulta real (solicitada a xUgaDB), en donde se necesita que el resultado (conjunto de geoposiciones que responden a la pregunta) sea organizado como un conjunto de rutas de longitud mínima (un árbol de rutas). Se logra con la función PATHS ruta mínima; para lograrlo, simplemente se agrega antes de DO:

set   _KML_STYLE_name   x_style_02
set   _KML_STYLE_type   paths
set   _KML_STYLE_altitude   1500
set   _KML_STYLE_line_style_color   7f00ffff
set   _KML_STYLE_line_style_width   4
set   _KML_STYLE_poly_style_color   7f00ff00
set   _KML_STYLE_tessellate   1
style
set   _KML_PATHS_style_name   x_style_02
paths   _KML_PATHS_style_name   min

Comentarios: Los primeros 7 SET declaran un estilo; con STYLE se crea el nuevo estilo; en el siguiente SET se asocia el estilo a PATHS; y finalmente, en PATHS se solicita con el estilo asociado, la ruta mínima entre todas los registros geoposicionados de la respuesta (la consulta ya configurada). PATHS se encarga de localizar una ruta base, a la cual se unan las demás rutas generadas, para que entre todas generen una distancia mínima de recorrido.

Parafraseando ¿Como escribir un programa que tenga como entrada el libreto con las instrucciones anteriores y que genere un gráfico (KML) con el resultado adecuado? Mi respuesta: z_KML es un lenguaje que analiza tokens, donde cada token es una función paramétrica que se aplica a una estructura de datos georreferenciada.

Actualización 23 jul 2007: Y si estamos en exigencias, entonces ¡que también genere un shapefile para ArcView!


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del libro que actualmente leo:
Schildt, H. 2001. C Manual de referencia. Osborne McGraw-Hill. 709 pp.


Herbert Schildt // Link
wiki: Google Earth // Link
wiki: KML // Link
wiki: Shapefile // Link
wiki: ArcView // Link


[entrada publicada originalmente el 17-07-2007 21:41 en Yahoo! 360]

domingo, 1 de julio de 2007

Empecé a divertirme

Historia de la Ciencia.

De cómo la presentación de los resultados del análisis del ADN mitocondrial europeo se enfrentó al conocimiento previamente establecido. La nueva evidencia no coordinaba con el estado actual del conocimiento sobre la dinámica de la invasión indoeuropea (agricultores neolíticos) y que supone sustituyera a los habitantes locales (cazadores-recolectores mesolíticos) en Europa. Palabras de Sykes (2001: 157-159):

Decidí presentar nuestro trabajo en la Segunda Euroconferencia sobre Historia de la Población, que tuvo lugar en Barcelona en noviembre de 1995. Sabía perfectamente que los principales defensores de la teoría de la “onda de avance” estarían allí, así que, por lo menos, lo que yo tenía que decir llamaría la atención. Me concedieron un espacio de 20 minutos. La sala de conferencias era muy grande: había cuatrocientos delegados y sitio para muchos más. Fui presentado por el convocante, sir Walter Bodmer, miembro de la Royal Society, colaborador durante mucho tiempo de Luca Cavalli-Sforza y coautor con él de dos importantes libros de texto sobre genética. Walter no se distingue precisamente por sus comentarios conciliadores, pero su presentación –“Y el siguiente orador es Bryan Skyes, que va a hablar sobre las mitocondrias. Yo no creo en las mitocondrias”- me pareció poco elegante. Empecé a exponer las bases de nuestra revisión de la prehistoria europea.

Walter y Luca estaban sentados juntos en primera fila, al pie del estrado. Es sorprendente lo mucho que puedes observar cuando hablas en público, aunque se trate de un público tan numeroso como aquel. Mientras yo exponía un punto tras otro, vi que Walter se iba agitando. Empezó a murmurar para sí mismo, y después en voz cada vez más alta. “Tonterías”, “absurdo”, me pareció oírle decir. Mientras las diapositivas se sucedían en mi presentación, él empezó a agitarse en su asiento, hacía ademán de levantarse y después se volvía a sentar. Cuando llegué a la última diapositiva, casi pude ver cómo le salía vapor por las orejas.

Apenas había terminado yo de hablar cuando Walter y Luca estaban ya de pie, disparándome preguntas. Conozco a Walter desde hace eones y lo he visto en acción muchas veces. Le he visto aplastar a jóvenes investigadores con sus agresivas preguntas y estaba decidido a que a mí no me ocurriera lo mismo. Con Walter sólo existe un remedio eficaz, y es replicar con argumentos. Yo ya me esperaba sus pirotecnias, y mientras aguantaba sus andanzas empecé a verlo todo como una representación teatral: como un contra interrogatorio en un tribunal de justicia o como un airado debate en la Cámara de los Comunes. Empecé a divertirme.

En cierto momento, Walter insistió en que ellos (él y Luca) nunca habían dicho que los agricultores hubieran tomado Europa, sustituyendo a los cazadores-recolectores. Yo había llevado un ejemplar del libro de texto que habían escrito entre los dos, “Genetics, Evolution and Man”, por si me decían algo semejante. Como respuesta, lo abrí por una página que ya llevaba marcada con un post-it amarillo y leí en voz alta: “Si la población de Europa está compuesta principalmente por agricultores que emigraron gradualmente de Oriente Medio, lo más probable es que los genes de los inmigrantes originales del Oriente Medio se fueran diluyendo progresivamente en los genes locales, a medida que los agricultores avanzaban hacia el oeste. Sin embargo, es probable que la densidad de los cazadores-recolectores fuera baja, y que de tanto en tanto la dilución [de los genes de Oriente Medio, se entiende] fuera relativamente poca”. Allí estaba, en letras de molde y con sus propias palabras. Aquello era sustitución a gran escala, en todo menos en el nombre. Walter resopló por última vez y se sentó: pero se había encendido la mecha de un encarnizado debate que todavía tardaría cinco años en resolverse.

En la ciencia actual, las conferencias internacionales como la de Barcelona resultan muy útiles para anunciar nuevos descubrimientos y observar la reacción inicial. Pero los trabajos presentados en una conferencia no tienen validez hasta que se publican en una revista científica. La publicación implica un minuciosos escrutinio de los datos, los métodos y las conclusiones por parte de expertos que trabajan gratuitamente y con la obligación de declarar cualquier posible conflicto de intereses. Aunque la presentación en una conferencia tiene que ser rigurosa, es durante el proceso de revisión anterior a la publicación cuando se comprueban a fondo las premisas, los resultados y las interpretaciones. Teniendo en cuenta la indignada reacción que nuestra radical revisión de la prehistoria europea había provocado en Barcelona, no nos sorprendió que cuando enviamos nuestro manuscrito al “American Journal of Human Genetics”, la principal revista internacional de la especialidad, los revisadores se mostraran más exigentes que de costumbre. Insistieron en que se añadiera un apéndice en el que se explicara una vez más el método de las redes evolutivas, que ya habíamos publicado en 1995 en un artículo intensamente matemático y bastante esotérico. Pidieron tablas adicionales, con comparaciones de poblaciones que en mi opinión estaban ya anticuadas. Pero al final lo publicaron “Paleolithic and Neolithic lineages in the European mitochondrial gene pool” (“Linajes paleolíticos y neolíticos en el fondo genético mitocondrial europeo”) apareció en el número de julio e 1996. Ya estaba impreso. Habíamos expuesto nuestra postura; ahora esperábamos la reacción.

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PD. El sistema eliminó segmentos del texto original durante la migración de Yahoo 360 a Perfiles Yahoo.

del libro que actualmente leo:
Sykes, B. 2001. Las siete hijas de Eva. Editorial Debate. 302 pp.

[entrada publicada originalmente el 01-07-2007 13:11 en Yahoo! 360]

miércoles, 27 de junio de 2007

Dramatic Chipmunk

Impresionante video viral de un animalito sacado de contexto.


youtube: Dramatic chipmunk // Link



No es extraño que se logre una buena escena con estos curiosos personajes. Los perros de las pradera (prairie dogs) son muy carismáticos y se les puede observar con facilidad en su hábitat de pradera, donde son elemento muy importante. Se estima que el habitante endémico del noreste de México (Cynomys mexicanus), ha reducido su área de distribución en un 80 %. Se le considera en peligro de extinción.

  • youtube: Video Dramatic Chipmunk // Link
  • youtube: Video Original Dramatic Chipmunk // Link
  • wiki: Mexican Prairie Dog // Link
  • panoramio: Cynomys mexicanus en ANP Llano La Soledad, Galeana, Nuevo León, México // Link
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[entrada publicada originalmente el 27-06-2007 01:07 en Yahoo! 360]

    viernes, 22 de junio de 2007

    La Madre de Todos los Hamsteres

    Historia de la Ciencia.

    De cómo resolvieron la pregunta ¿será la región de control [segmento del ADN mitocondrial] lo bastante estable como para resultar útil en un estudio de evolución humana? La respuesta fue que si y fue probado con el modelo experimental hámster sirio. El resultado fue luz verde para utilizar la sección de control del ADN mitocondrial en el estudio de nuestro linaje, con cerca de 150,000 años (unas 6,000 generaciones). Aquí la historia contada por Syke (2001: 68-72):

    Aquella noche, durante el largo viaje de regreso a casa, mientras estaba pensando en otra cosa, experimenté uno de esos raros momentos en los que una idea llega de repente desde los recovecos de la mente, Dios sabe como, y sabes en un milisegundo que es la respuesta a tu problema, aunque no hayas tenido tiempo de razonar el por qué. De pronto me acordé del hámster dorado.

    Cuando yo era pequeño, leí en una enciclopedia infantil que todos los hámster domésticos del mundo eran descendientes de una misma hembra. Estoy dispuesto a jurar que no había vuelto a pensar en ello en varias décadas. Y sin embargo, la idea salía a la superficie precisamente ahora. Recuerdo que, en su momento, pensé que aquello no podía ser posible. Pero ¿y si lo fuera? Éste sería la manera ideal de comprobar la estabilidad de la región de control. Todos los hámster del mundo tendrían una línea materna que se remontará directamente a esa “Madre de Todos los Hámsteres”. Por lo tanto, habrían heredado también de ella el ADN mitocondrial, ya que en los hámsteres se transmite por línea femenina igual que en los humanos. Lo único que tenía que hacer era recolectar ADN de un conjunto de hámsteres vivos y comprobar las secuencias de sus regiones de control. No necesitaba tener linajes precisos, porque si era verdad que todo había partido de una única hembra, todos tenían que remontarse a ella. Si la región de control era lo bastante estable como para resultarnos útil, su secuencia sería la misma, o muy similar, en todos los hámsteres vivos.

    Le pedí a Chris Tomkins, un estudiante con mucha iniciativa que en el verano de 1990 acababa de empezar en mi laboratorio su proyecto de fin de carrera en genética, que viera qué podía averiguar sobre el hámster dorado. Lo primero que descubrió fue que, hablando en términos estrictos, no se llaman hámsteres dorados sino hámsteres de Siria. Chris fue a la biblioteca pública de Oxford y volvió con buenas noticias: había descubierto que existía un Consejo Nacional del Hámster Sirio en Gran Bretaña. Llamó a la secretaria y al día siguiente nos pusimos en camino hacia una dirección de Ealing, en el oeste de Londres. Allí fuimos recibidos, no sin recelos, por el secretario del Club del Hámster Sirio en Gran Bretaña, Roy Robinson (lamentablemente, ya fallecido).

    El difunto señor Robinson era un producto de una época ya pasada: un científico aficionado y autodidacta de gran distinción. Su mal iluminado despacho estaba repleto de libros sobre genética animal, muchos de ellos escritos por él mismo. Sacó su libro sobre el hámster sirio. Estaba mal de la vista, y aun con la ayuda de unas gafas muy gruesas tuvo que acercarse mucho el texto a la cara. Confirmó la historia que yo había leído de niño. Al parecer, en 1930, una expedición zoológica a los montes de la zona de Aleppo (ahora Halab), en el noroeste de Siria, había capturado cuatro curiosos roedores de color pardo-dorado, una hembra y tres machos, y los había llevado a la Universidad Hebrea de Jerusalén. Los mantuvieron juntos, y al poco tiempo la hembra quedó preñada y parió una camada. Estaba claro que no iba a haber dificultades para que se reprodujeran en cautiverio. La universidad empezó a distribuirlos en los institutos de investigación médica de todo el mundo, donde fueron bien acogidos como alternativa a las habituales ratas y ratones, aunque tenían sus inconvenientes como animales de laboratorio: sólo estaban activos por la noche, tenían mal carácter y tendían a morder a los que los manejaban (¡bien hecho!). El primer receptor fue el Consejo de Investigación Médica de Mill Hill, al norte de Londres, que cedió algunos al Zoo de Londres. En 1938 llegan a Estados Unidos los primeros hámsteres dorados.

    A veces, el personal de los laboratorios se lleva a casa animales de laboratorio que ya no son necesarios, y los mantiene como mascotas en lugar de matarlos. De ese modo, los hámsteres se fueron extendiendo de un hogar a otro y, a medida que aumentaba su popularidad, los criadores comerciales los incorporaron a sus catálogos. Empezaron a formarse grupos de entusiastas de los hámsteres.

    En 1947, en una colonia de cría apareció un hámster picazo, la primera de muchas variedades de color debidas a mutaciones espontáneas en los genes de color del pelaje, que se manifestó gracias a la endogamia de la colonia. No resultó difícil cruzar a los mutantes entre sí y producir una nueva estirpe pura. Los criadores pusieron más empeño en encontrar nuevos colores del pelaje, y en los años siguientes se descubrieron muchos mutantes de ese tipo y se establecieron estirpes puras: crema, canela, satinado, carey... Los hámsteres tenían mucha aceptación como mascotas, y la existencia de estirpes de diferentes colores hizo aumentar el interés. Así comenzó la explosión demográfica: en la actualidad hay en el mundo más de tres millones de hámsteres criados como mascotas.

    El señor Robinson vivía en un viejo vivero hortícola, que cuando nosotros lo visitamos estaba en muy malas condiciones. Un largo terreno rectangular rodeado de tapias de bonito ladrillo antiguo contenía macizos de flores excesivamente crecidos y unos cuantos invernaderos con cristales rajados y rotos. Había también dos grandes cobertizos, y el señor Robinson nos condujo al primero, situado a la izquierda, y abrió la puerta invitándonos a pasar. No dábamos crédito a nuestros ojos: en el interior había hileras y más hileras de jaulas, todas etiquetadas y numeradas, y en cada una vivía una familia de hámsteres. El señor Robinson había coleccionado una muestra de cada variedad de color producida hasta entonces, y las estaba cruzando para desentrañar la genética. Había hámsteres blanquísimos, hámsteres de color lila, hámsteres con el pelo corto y oscuro y hámsteres con el pelo largo y sedoso como una cabra de Angora. El señor Robinson tenía tanto prestigio en el mundo de los hámsteres sirios que cada vez que se descubría un nuevo mutante de pelaje se enviaba una pareja a Ealing. Estábamos contemplando la colección de referencia mundial. Como culminación, Robinson abrió una vieja lata de caramelos “Quality Street” y allí, cuidadosamente apiladas, estaban las pieles secas de los animales originales, que también se le habían enviado. Martín Richards, que había hecho el viaje con Chris y conmigo, quedó tan cautivado que se compró dos hámsteres en una tienda de Ealing antes de volver a casa. Los tuvo en su piso durante dos años, hasta que fallecieron. Lo más importante para nuestros propósitos fue que nos llevamos unos cuantos pelos de cada estirpe de la colección del Señor Robinson.

    El Señor Robinson nos facilitó también las direcciones de criadores de hámsteres y clubes de propietarios de todo el mundo, y Chris estaba a punto de escribirles para pedirles muestras de pelo cuando se nos ocurrió que aquello podría no salir bien. Ya habíamos descubierto que se necesitan muchos pelos para obtener el ADN, Los pelos de hámster son muy finos y tienden a romperse por encima de la raíz. Aunque a los animales no les importara que les arranquen unos cuantos pelos, era probable que se sintieran un poco molestos, y también sus propietarios, si pedíamos mechones grandes. Comprendimos que necesitábamos otra fuente de ADN. Entonces se nos ocurrió una idea que al principio parecía completamente disparatada. Sabíamos que la reacción de amplificación del ADN era exquisitamente sensible, y que por eso había funcionado con el ADN antiguo de los huesos arqueológicos. ¿Habría en los excrementos de los hámsteres suficiente células desprendidas de las paredes del intestino grueso? Sin duda, ni siquiera el propietario más celoso pondría inconvenientes a desprenderse de unos pocos excrementos por la causa de la ciencia. Pero ¿daría resultado? Sólo había una manera de averiguarlo. De modo que, a la mañana siguiente, Martín apareció con una cosecha fresca de los residentes de la casa. Eran bolitas secas y arrugadas, muy similares a los excrementos de ratón, y totalmente inofensivos [!!!]. Aún así, Chris utilizó pinzas para recogerlas y meterlas en un tubo de ensayo. Hirvió los excrementos durante unos minutos, centrífugo el sedimento y recogió una gota del líquido transparente para la reacción de amplificación del ADN. Funciono de maravilla.

    Durante el resto del verano estuvieron llegando pequeños paquetes de aficionados a los hámsteres de todo el mundo. En cuanto oíamos su característico sonido sonajero, sabíamos que contenían. Al fin obtuvimos ADN de 35 hámsteres, y al poco tiempo Chris había secuenciado la región de control mitocondrial de todos ellos. Todos eran absolutamente idénticas. Así pues, la historia era cierta: todos los hámsteres domésticos del mundo descienden realmente de una sola hembra. Pero lo más importante para nosotros era que la región de control se había mantenido completamente estable. Desde aquel primer hámster capturado en el desierto sirio hasta sus millones de tata-tata-tataranietos repartidos por todos los rincones del mundo, el ADN de la región de control se había copiado con absoluta fidelidad, sin un solo error.

    Era una idea asombrosa. En condiciones óptimas, los hámsteres pueden procrear cuatro o cinco camadas por año. A ese ritmo, desde 1930 había habido tiempo para engendrar por lo menos 250 generaciones de hámsteres. Aunque nuestros 35 hámsteres no hubieran tenido linajes maternos comprobados que se remontaran a 1930, el hecho de que en las secuencias de sus ADN no hubiera absolutamente ninguna diferencia quería decir necesariamente que mis preocupaciones sobre la posibilidad de mutaciones demasiado rápidas en la región de control eran infundadas. De hecho, era al contrario: resultaba que este segmento de ADN era muy fiable, nada propenso a accesos incontrolados de mutación que hicieran imposible seguir la pista de los cientos de generaciones que queríamos estudiar en nuestros antepasados humanos. Por supuesto, existía la posibilidad de que, aunque la región de control fuera estable en los hámsteres, no lo fuera en humanos. Pero esto no me pareció muy probable, dado el carácter tan fundamental de las mitocondrias, y estaba dispuesto a aceptar el riesgo.

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    PD. El sistema eliminó segmentos del texto original en la migración de Yahoo! 360 a Perfiles Yahoo.

    del libro que actualmente leo:
    Sykes, B. 2001. Las siete hijas de Eva. Editorial Debate. 302 pp.

    [entrada publicada originalmente el 23-06-2007 16:21 en Yahoo! 360]

    Ishkur's Guide to Electronic Music

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    via:
    Mira y Calla // Link

    [entrada publicada originalmente el 22-06-2007 00:15 en Yahoo! 360]