lunes, 28 de abril de 2014

Jugando a la Biología

«La naturaleza está ahí afuera, jugando». [1]

y nuestro trabajo es descubrir las reglas de ese juego de la naturaleza, jugando.

torito! y ¿cómo se llaman las reglas de nuestro juego? Sorpresa!

[...]

Debemos aprender y dominar las reglas. Para cualquier ciencia...
«Ignorar los procedimientos y técnicas de una disciplina no significa ser un rebelde revolucionario superalternativo [novedoso en la manera de hacer o plantear las cosas en esa disciplina], sino un simple analfabeto». [2]

torito! Si es necesario, las reglas se pueden modificar, pero ¿cómo sabemos que algo es nuevo si no conocemos lo viejo?
«Desde niño pintaba como Rafael, pero me llevó toda una vida aprender a dibujar como un niño». Pablo Picaso.

torito! En nuestra disciplina --y sin trastocar las reglas- ¿cómo planteamos una nueva escuela de pensamiento? Una novedosa manera de «entender» el juego de la naturaleza.


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del libro que actualmente leo:
[1] Poincaré, Jules Henri. 1981. Filosofía de la Ciencia. Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología, 283 pp.  // "allá la naturaleza, divirtiéndose, como decía Fresnel" (pp. 46).

[2] la ciencia y sus demonios: Lo que puede ser afirmado sin pruebas, puede ser rechazado sin pruebas // Link

por amor a la ciencia: Mayim Bialik: De «Blossom» y «Big Bang Theory» a la ciencia // Link

sábado, 19 de abril de 2014

everybody knows us

We're always where it's at,
Everyone needs us,
Wants to join our gang...
(The Frank Popp Ensemble - Hip Teens (don't wear blue jeans))

¿A qué me refiero? A los científicos medrando en la frontera de la ciencia.

torito! y ese lugar... ¿donde está?

Siempre está --casi- a un lado de un descubrimiento increible; adjetivo tomado de Carl Sagan: -En algún lugar, algo increíble está esperando ser conocido.

torito! y los que desean unirse a la fiesta... ¿qué deben hacer para llegar?


neo soul / nu funk / 2001 / graphic designer


youtube: The Frank Popp Ensemble - Hip Teens (don't wear blue jeans) // Link

sábado, 18 de enero de 2014

futile

Guallar et al. (2013) analizan investigaciones sobre el uso de suplementos de vitaminas y minerales para: 1) prevenir o evitar el avance de enfermedades crónicas; o para, 2) mejorar la salud de personas sanas sin deficiencias nutricionales.
Most supplements do not prevent chronic disease or death, their use is not justified, and they should be avoided. This message is especially true for the general population with no clear evidence of micronutrient deficiencies.
With respect to multivitamins, the studies published in this issue and previous trials indicate no substantial health benefit. This evidence, combined with biological considerations, suggests that any effect, either beneficial or harmful, is probably small. As we learned from voluminous trial data on vitamin E, however, clinical trials are not well-suited to identify very small effects, and future trials of multivitamins for chronic disease prevention in well-nourished populations are likely to be futile.
Beta-carotene, vitamin E, and possibly high doses of vitamin A supplements are harmful. Other antioxidants, folic acid and B vitamins, and multivitamin and mineral supplements are ineffective for preventing mortality or morbidity due to major chronic diseases.

Torito! La conclusión sigue siendo la misma: cuando no existe deficiencia, su uso es inútil y en altas dósis algunas son peligrosas.

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Guallar, Eliseo; Saverio Stranges; Cynthia Mulrow; Lawrence J. Appel and Edgar R. Miller_III. 2013. Enough is enough: Stop wasting money on vitamin and mineral supplements. Annals of Internal Medicine, 159(12): 850-851 doi:10.7326/0003-4819-159-12-201312170-00011.

vía:
la ciencia y sus demonios: Basta ya de malgastar el dinero en vitaminas y suplementos minerales // Link

lunes, 6 de enero de 2014

arte liberal

Evocación de Lynn Margulis sobre su nacimiento a la ciencia...

Aunque Carl [Sagan] desempeñó un papel importante en mi adolescente conversión científica, «La Facultad» de la Universidad de Chicago fue probablemente todavía más crucial.
Ciencias Naturales II, una asignatura anual, supuso un primer paso crítico en mi educación científica.
En lugar de libros de texto, los estudiantes de las clases de biología de CCNN II leíamos los propios escritos de los grandes científicos: Charles Darwin; Gregor Mendel; el biólogo alemán Hans Spermann, un embriólogo en activo durante las dos primeras décadas del siglo XX, y August Weismann, los cuales descubrieron conjuntamente la fertilización y postularon «la continuidad del plasma germinal».
También  leíamos a neodarwinistas anglófonos, incluyendo a los matemáticos y genetistas británicos G. S. Hardy, J. B. S. Haldane y R. A. Fisher.
Hardy, Haldane, Fisher y muchos otros desarrollaron los principios matemáticos de la genética de poblaciones, un pilar crucial que mantiene en lo alto al neodarwinismo.
CCNN II nos proporcionó la inspiración para considerar la genética de poblaciones, la embriología y otros muchos conceptos: ¿Qué es la herencia? ¿Qué une a las generaciones? ¿Cómo inspiran el desarrollo de un animal completo los materiales del óvulo y un espermatozoide fusionados?
Como aprendimos en CCNN II, la ciencia es un arte liberal, una forma de llegar a saber.
Nos enseñaron cómo, a través de ella, podríamos ir por ahí planteando importantes cuestiones filosóficas.
Los asuntos de la herencia profunda, que al principio de CCNN II me consumían, me han inspirado hasta el día de hoy.
La extraordinaria ciencia de la Universidad de Chicago, un conjunto de métodos honestos, abiertos, accesibles y enérgicos, apenas existe en la actual mentalidad, obsesionada con la tecnología.
Allí la ciencia facilitaba el pensamiento de las cuestiones profundas en las que la filosofía y la ciencia se unen: ¿Qué somos? ¿De qué estamos hechos nosotros y el universo? ¿De donde venimos? ¿Cómo funcionamos?
No dudo de que debo la elección de una carrera científica a la genialidad de esta educación «idiosincrática».[1]

Torito! La «Escuela de Pensamiento» no la aprendemos de los miles de escritos que estudiamos para obtener el grado; es herencia. La aprendemos directamente del proceder de cada uno de nuestros maestros, los de «carne y hueso». La adquirimos con sus pasos frente a nosotros, en el marco ético y moral, en la lógica, en la actitud, en la responsabilidad. Realmente ¿qué es lo más importante que debemos aprender? La base filosófica, sobre la cual construiremos la solución de nuestros problemas profesionales.


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[1] del libro que actualmente leo, pp. 34-35:
Margulis, Lynn. 2002. Planeta simbiótico: Un nuevo punto de vista sobre la evolución. Debate, 161 pp.

domingo, 10 de noviembre de 2013

Ingeniería Histórica

Ideas para debatir.
"Sin embargo, es evidente que se escribirá una historia [sobre la Guerra Civil Española], la que sea, y cuando hayan muerto los que recuerden la guerra, [esa cualquier historia escrita] se aceptará universalmente. Así que, a todos los efectos prácticos, la mentira se habrá convertido en verdad". George Orwell [1]

Torito! Una de las ventajas de vivir varios decenios, es que..., uno estuvo en ellos y los entendemos. Sin embargo, irremediablemente, esas vivencias se perderán en el tiempo, para dar lugar casi exclusivamente a la letra escrita que nos sobrevive. Así, Orwell no tenía toda la razón. Siempre habrá material de donde cortar para la historia. Siempre entiéndase mientras dure.

Más aún sobre la información que persiste. Si tomamos como referencia la sociedad orwelliana del futuro distópico de 1984, nuestro presente parece más extraño por la forma en que se realiza el control --la recopilación de información-.

  • No tenemos un Gran Hermano, sino varios.
  • Nosotros mismos proporcionamos la información a detalle. Por ejemplo: dando pormenores en las redes sociales; ayudando a solucionar el reconocimiento automático facial; cargando con la cámara, micrófono y GPS incluido en el teléfono celular (imagen, sonido y ubicación); subimos a la nube cada documento, etc.
  • Parece que no nos importa, o es un mal necesario.

Al inicio de los 90's --al final de nuestros estudios de posgrado- ya bromeábamos al respecto:

"-No te preocupes si te falta algún detalle en tu Curriculum Vitae, de inicio ya lo tienen completo a detalle --en algún lugar del mundo-. Sólo tienes que saber cómo solicitar lo que necesites sobre ti mismo, yeah!".

Si realmente viviste los 60's, no deberías poder recordarlos; shhh... ahora sabes como.

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[1] wikiquote: George Orwell // Link

lunes, 7 de octubre de 2013

Mosaicism

"Yo no es una constante, y ahora... Yo no es un genoma".

Lupski (2013) publica que el mosaico genético, es más común de lo considerado.

torito! Es interesante notar que la consideración anterior, Lupski lo menciona como producto de lo limitado de los análisis genéticos previos. Entonces ¿es un artefacto?

Dentro de las posibles funciones biológicas, cita a Baillie et al. (2011), Evrony et al. (2012) y Poduri et al. (2013).

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Baillie, J. Kenneth; Mark W. Barnett; Kyle R. Upton; Daniel J. Gerhardt; Todd A. Richmond; Fioravante De_Sapio; Paul Brennan; Patrizia Rizzu; Sarah Smith; Mark Fell; Richard T. Talbot; Stefano Gustincich; Thomas C. Freeman; John S. Mattick; David A. Hume; Peter Heutink; Piero Carninci; Jeffrey A. Jeddeloh and Geoffrey J. Faulkner. 2011. Somatic retrotransposition alters the genetic landscape of the human brain. Nature, 479(7374): 534-537 doi:10.1038/nature10531.

Evrony, Gilad D.; Xuyu Cai; Eunjung Lee; L. Benjamin Hills; P. Christina Elhosary; Hillel S. Lehmann; J. J. Parker; Kutay D. Atabay; Edward C. Gilmore; Annapurna Poduri; Peter J. Park and Christopher A. Walsh. 2012. Single-neuron sequencing analysis of L1 retrotransposition and somatic mutation in the human brain. Cell, 151(3):483-496 doi:10.1016/j.cell.2012.09.035.

*** Lupski, James R. 2013. Genome mosaicism: One human, multiple genomes. Science, 341(6144): 358-359 doi:10.1126/science.1239503.

Poduri, Annapurna; Gilad D. Evrony; Xuyu Cai and Christopher A. Walsh. 2013. Somatic mutation, genomic variation, and neurological disease. Science, 341(6141) doi:10.1126/science.1237758.

wiki: Mosaico genético // Link

domingo, 15 de septiembre de 2013

Vagan libres alimentándose de dinero

"Un ecosistema artificial creado por humanos, donde los eventos son tan rápidos y masivos, que sufrimos sus consecuencias en tiempo real; pero que nos enteramos que está sucediendo, hasta mucho tiempo después.

Se trata de algoritmos, equiparables a depredadores de mercados, que medran digitalmente en el mercado financiero. Tan veloces, que están fuera de la supervisión humana en tiempo real, de hecho, su actividad está fuera de nuestro umbral de reacción (de aproximadamente 1 segundo).

El mercado financiero nos afecta a todos y estos depredadores digitales vagan libres en ese ecosistema artificial. Se necesita de una nueva teoría científica de los fenómenos financieros, porque la anterior, no aplica a escala de milisegundos.

Se cree que participaron en el colapso financiero del 2008.

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Johnson, Neil; Guannan Zhao; Eric Hunsader; Hong Qi; Nicholas Johnson; Jing Meng and Brian Tivnan. 2013. Abrupt rise of new machine ecology beyond human response time. Scientific Reports, 3(2627), doi:10.1038/srep02627.

viernes, 6 de septiembre de 2013

La luz del campo


Dominar la Ecología es de años; el especialista es el Ecólogo y se centra en el ecosistema. Es de los que están preparados para restaurar los ecosistemas --y subsistemas menores como el hábitat-, por ejemplo.

Por otro lado, el ecologista --en la actualidad- parece un activista político interesado en la naturaleza, pero centrado en el humano, un respetable punto de vista. Pero que a veces, tal punto de vista se vuelve de cuidado, cuando --por desconocimiento- llega al extremo de considerar a la naturaleza como si fábula fuera, y que así la quiere conservar, manejar y obligar a los demás a ver.

"En un principio, el objetivo de un ecologista es (o debería ser) la preservación y el uso responsable del medio ambiente y los recursos naturales. Y aquí viene el primer problema: el medio ambiente y los diferentes sistemas ecológicos son sistemas enormemente complejos, en los que interaccionan una enorme multitud de seres vivos entre sí y con su medio. Por eso existe una rama de la biología que estudia estos sistemas: la ecología. Una ciencia difícil y que requiere conocimientos de una amplia gama de ciencias: biología, botánica, meteorología, geología, química, física... Así que uno esperaría que un ecologista tuviera un conocimiento razonable de estas ciencias. ¿Cómo puedes si no, esperar arreglar algo sin saber como funciona? [1]

Ayer se lo explicaba a un alumno de Biólogo: ¿Cómo puedes ser productivo en una ciencia de síntesis como la evolución, la ecología o la biogeografía, sin dominar las ciencias básicas que las soportan? Más aún ¿cómo --por ejemplo-, puedes sentir el lugar de los "vinagrillos" en la naturaleza, si no los has palpado, junto al aroma de su "vinagre" entre las rocas donde medran? Sin experiencia de campo, el sentir lo puedes suponer a partir de la ciencia en los libros; ahora el suponer multiplícalo por cada elemento del ecosistema: titánico, si. En conjunto, quién se come a quién, cómo, donde y cuando, pero lo más importante: porqué. Y esto para empezar, porqué es sólo un inciso, en la trama trófica.

Se aprende en clase, el aprendizaje se siente en el campo.

Recuerdo de los días primeros de nuestros estudios profesionales, cuando un compañero entró al laboratorio con tremenda sonrisa. Compartía con emoción: -¡Por fin lo he entendido! Una población es afectada por la natalidad y la mortalidad, la emigración y la inmigración... esto no es estático ¡es dinámico!

Suena obvio, pero a todos nos pasa así en uno u otro tema de nuestra especialidad. La luz suele llegar en el campo, andando.

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[1] La ciencia y sus demonios: El cáncer del ecologismo // Link

martes, 3 de septiembre de 2013

Ruido Aleatorio de Shakespeare

Si se pone a un infinito número de monos a escribir caracteres al azar, generará un infinito número de golpes, orín y heces sobre los teclados infinitos; y algunos caracteres, si acaso.

Pero, si realmente se les obliga a los monos a escribir un infinito número de caracteres al azar, entonces, ¡sorpresa! generarán un infinito número de caracteres al azar. Ni más ni menos, similares al ruido aleatorio.

Lo más cercano que ese mono ruido aleatorio estará de parecerse a una obra de Shakespeare, será si se le bautiza con el nombre de "Ruido Aleatorio de Shakespeare".

Torito! ¿Qué esperaban? ¿Obras de Shakespeare escritas por monos? ¿De donde?

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Nota: Sigue siendo una broma // Link

wiki: Ruido blanco // Link

domingo, 4 de agosto de 2013

funcionará

Rey Julien: -Atención.
Rey Julien: -Yo, los ayudaré.
Rey Julien: -Solo hay una forma de recuperar su valiosa agua.
Rey Julien: -Yo, su amado rey Julien, solo tengo que ofrecerle un pequeño sacrificio a mis amigos los dioses del agua en... ¡el volcán!
Rinoceronte: -Y ¿eso qué hace?
Rey Julien: -¿Eso que hace?
Rey Julien: -Mi sacrificio entrará en el volcán, entonces los dioses amistosos se comerán el sacrificio [...]
Rey Julien: -Los dioses comerán el sacrificio, como agradecimiento me darán un poco de agua y yo se las daré a ustedes.
Gloria: -¿Qué?
Personaje: -¿Funcionará?
Rey Julien: -No, si ¡SI!
Madagascar: Escape 2 Africa (Eric Darnell, 2008).

Torito! ¿Funcionará?

No, pero llevamos 200,000 años intentándolo (lo que tenemos los Homo sapiens de existir).

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Rey Julien: -Ahora resulta que los sacrificios no son buena idea.