Un paso más en contra del sida. Con Internet y entre todos, si se puede.
La comunidad resuelve la estructura cristalina de la molécula proteasa retroviral del M-PMV (Mason-Pfizer monkey virus, causante de sida en los simios), con el uso del videojuego en línea en 3D, denominado Foldit y confirmado con cristalografía de rayos X. Avances del evento publicados en Khatib et al. (2011).
Esta molécula está relacionada con el proceso de unión del virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) con las células sanas.
La proteasa retroviral del M-PMV, cristaliza como un monómero, pero a pesar de que por décadas se tenía la disponibilidad de varias formas cristalinas, los investigadores fueron incapaces de resolver la estructura por remplazamiento molecular (Khatib et al. 2011: 3).
Hipotetizamos que el razonamiento espacial humano, podría mejorar el muestreo del espacio conformacional, así como la determinación de seguir conformaciones subóptimas, cuando los elementos estocásticos de búsqueda, fueron reemplazados con la toma de decisión humana; todo esto en un marco donde los algoritmos deterministas Rosetta, son herramientas del usuario. Desarrollamos un videojuego multijugador en línea, Foldit, con la meta de producir modelos precisos de estructuras de proteínas (Cooper et al. 2010: 2).
El acertijo: fold it: 390: Unsolved monkey virus protein // Link
Cooper, Seth; Firas Khatib; Adrien Treuille; Janos Barbero; Jeehyung Lee; Michael Beenen; Andrew Leaver-Fay; David Baker; Zoran Popovic and Foldit players. 2010. Predicting protein structures with a multiplayer online game. Nature, 446: 756-760 doi:10.1038/nature09304. [a007269fx]
Khatib, Firas; Frank DiMaio; Foldit Contenders Group; Foldit Void Crushers Group; Seth Cooper; Maciej Kazmierczyk; Miroslaw Gilski; Szymon Krzywda; Helena Zabranska; Iva Pichova; James Thompson; Zoran Popovic; Mariusz Jaskolski and David Baker. 2011. Crystal structure of a monomeric retroviral protease solved by protein folding game players. Nature Structural & Molecular Biology, Advance Online Publication, 3 pp doi:10.1038/nsmb.2119. [a007268fx]
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fold it: Solve puzzles for science // Link
fold it: Nature Structural & Molecular Biology paper online! // Link
Protein Data Bank: Crystal structure of monomeric M-PMV retroviral protease // Link
Microbe Wiki: Mason pfizer monkey virus // Link
University of Washington: Zoran Popović // Link
wiki: Foldit // Link
wiki: Rosetta@home // Link
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